Los orígenes míticos del reino se remontan a tiempos anteriores a la actual "creación": el Altar 1 ubica al primer gobernante en el año 4691 a.C.; un segundo gobernante se menciona para comienzos del calendario de Cuenta Larga, en el 3114 a.C., en tanto que hay un tercero asociado con la fecha 8.13.0.0.0 (14 de diciembre de 297 d.C.). El hecho de que esta última fecha también se mencione en Pomoná, otro reino de la región del Usumacinta, en tanto que el fundador de la dinastía de Yaxchilán supuestamente subió al trono unos sesenta años más tarde, sugiere que la mitología pudo haber cedido su lugar a la historia en este punto, conforme las entidades políticas de la región fueron adoptando las formas políticas que habrían de persistir durante todo el período Clásico.

La rivalidad entre Piedras Negras y Yaxchilán pudo haber comenzado desde la fundación de este último reino en (quizás) el año 359; en las inscripciones se menciona que el primer rey de Yaxchilán tenía un prisionero cuyo nombre se asocia con Piedras Negras.

Sabemos de los primeros gobernantes de Piedras Negras sobre todo a través de las inscripciones de Yaxchilán (los dinteles de la Estructura 12). Existen sólo tres monumentos contemporáneos del período Clásico Temprano en la misma Piedras Negras y es posible que otros hubieren sido destruidos a resultas de algún revés militar durante el siglo sexto. Los tres que sobreviven son el Tablero 12, asociado con la inauguración de un templo en el año 518; la Estela 30, cuyo texto fragmentario registra el final de k'atun 9.5.0.0.0 (3 de julio del 534); y la Estela 29, que marca el final de período 9.5.5.0.0, celebrado cinco años después del anterior. Los pedazos rotos del Tablero 12 se reutilizaron para construir la Pirámide O-13 en el período Clásico tardío. Las Estelas 29 y 30 se ubicaron ambas en el Grupo del Sur, la primera sobre la pirámide R-3 y la segunda frente a la estructura R-4.

El gobernante de principios del siglo séptimo K'inich Yo'nal Ahk I mantuvo el centro ceremonial en el Grupo Sur y, en especial, en la pirámide R-9. Y su sucesor, el Gobernante 2, erigió al menos seis monumentos en la base de la estructura R-5 antes de volver su atención al desarrollo de la pirámide K-5 en la parte norte del sitio (los monumentos asociados con la estructura K-5 son las Estelas 38 y 39, así como el Tablero 7). El hijo del Gobernante 2, K'inich Yo'nal Ahk II, completó el cambio hacia el norte y noroeste y erigió ocho estelas, así como el Altar 1, frente a la Pirámide J-4 de la Acrópolis oeste. K'inich Yo'nal Ahk II probablemente esté sepultado frente a la Estructura J-5. Su sucesor, el Gobernante 4, erigió todas menos una de sus cinco estelas frente a la Pirámide J-3.

A partir del siguiente rey, la pirámide O-13 del Grupo este se convirtió en el centro de considerable atención. Con casi total certeza, el Gobernante 4 debe estar sepultado frente a ella. El Tablero 3, hallado en el escombro del santuario superior, narra su muerte, su sepultura y un ritual de reingreso posterior a la tumba; la Pirámide O-13 es el templo dedicado a su memoria. Los siguientes tres gobernantes, que probablemente fueron hijos suyos, trataron a la estructura O-13 como un santuario dinástico: Yo'nal Ahk III erigió las Estelas 14 y 16 en su base; Ha' K'in Xook hizo lo propio con las Estelas 13 y 18 (su Estela 23 se erigió frente a la Pirámide O-12); y fue el último rey conocido de Piedras Negras, el Gobernante 7, quien mandó poner el Tablero 3 en una pared del santuario de la Estructura O-13 y colocó las Estelas 12 y 15 sobre su plataforma de apoyo.

El Gobernante 7 también expandió el palacio real de la Acrópolis oeste, en donde su galería J-6 sirvió de marco al Trono 1. Este magnífico asiento monumental esculpido fue roto en varios pedazos en el curso de los violentos últimos días de la dinastía.

El epíteto k'inil ajaw ("señor solar"), que aparece por primera vez asociado con el gobernante Diente de Tortuga del período Clásico temprano en un monumento del Gobernante 2 del período Clásico tardío, está tan íntimamente asociado con Piedras Negras que casi funciona como segundo glifo emblema del sitio.

Fue en relación con Piedras Negras que Tatiana Proskouriakoff hizo su gran avance en reconocer la naturaleza histórica de las inscripciones mayas. Proskouriakoff notó la repetición en las estelas de Piedras Negras de dos glifos a los que se les dio el mote de "rana virada" y el signo del "dolor de muelas." El primero generalmente se asociaba con la fecha más temprana de una estela dada—o dentro de un grupo de estelas, que es un arreglo común en Piedras Negras—, en tanto que el segundo marcaba una fecha que se presentaba entre doce y treinta y un años más tarde que la primera. Dado que la totalidad del tiempo cubierto por cualquier grupo de estelas no excedía nunca los sesenta y cuatro años, lapso razonable para una vida humana, Proskouriakoff dedujo que el glifo de la "rana virada" era un verbo que significaba nacimiento (o quizás algún ritual infantil de adopción de nombre), en tanto que el signo del "dolor de muelas" denotaba entronización. Posteriores investigaciones glíficas le han dado la razón y el primer signo actualmente se lee sihyaj ("nacido"), en tanto que el segundo tiene una lectura de joyaj ti ajawlel ("fue atado en el gobierno/como gobernante").

Lo anterior se basa en Chronicle of the Maya Kings and Queens de Simon Martin y Nikolai Grube (2000:141, 2008:118-119, 139-153). La nomenclatura alfanumérica utilizada para designar las pirámides y otras estructuras de Piedras Negras se basan en los cuadrantes designados del mapa generado por el proyecto del Museo de la Universidad de Pennsylvania en la década de 1930.