La primera mención del nombre Chichén Itzá que aparece en los anales europeos la hizo Fray Diego de Landa, en su conocida Relación de las Cosas de Yucatán, en la segunda mitad del siglo XVI. Chichén Itzá ha sido por largo tiempo un sitio con fuertes ataduras a la historia y la mitología de los mayas tanto anteriores como posteriores a la Colonia. Se pueden hallar repetidas menciones a esta antigua ciudad en las Relaciones Geográficas, al igual que en otros muchos documentos de la época. Por un tiempo, Francisco de Montejo, conquistador oficial de Yucatán, intentó establecerse en Chichén Itzá, pero la hostilidad de los grupos mayas locales lo persuadió de darse por vencido. Se encuentran múltiples menciones a este sitio en diversos documentos a lo largo de todo el período colonial. No obstante, el primer interés real en explorar los antiguos vestigios no habría de surgir sino hasta la década de 1840, cuando los famosos exploradores John Lloyd Stephens y Frederick Catherwood dieron a conocer la vieja ciudad al mundo, gracias al reporte que publicaron sobre sus dos semanas de trabajo en el sitio, en el año de 1842. La elegante prosa de Stephens y los magníficos dibujos de Catherwood de varios edificios de Chichén Itzá iban acompañados, además, del primer mapa del sitio. A pesar de los graves peligros existentes durante la Guerra de Castas (1846-1900), el aventurero y fotógrafo Desiré Charnay consiguió visitar el sitio, protegido por una escolta militar, documentando con su cámara algunos de los vestigios más importantes que eran visibles en la segunda mitad del siglo XIX. Entre 1875 y 1883, otro francés, Augustus LePlongeon, llevó a cabo las primeras excavaciones en el sitio, si bien su natural tendencia a la extravagancia y a la autopromoción impidieron que su trabajo fuera considerado con seriedad. Se atribuye a LePlongeon la invención del nombre chac mool el cual, aún hoy en día, se aplica a ciertas esculturas antropomórficas reclinadas, muy comunes en toda la Mesoamérica del post-clásico, si bien no existe base alguna que acredite la autenticidad de este nombre. Entre 1880 y 1890, dos excelentes fotógrafos y exploradores, el austríaco Teobert Maler y el inglés Alfred P. Maudslay, trabajaron en el sitio de manera independiente. Sus respectivas publicaciones pusieron a disposición del público, por primera vez, un registro detallado del sitio, de su arquitectura y su arte monumental. William Holmes realizó un estudio de la arquitectura de la ciudad en 1895, en tanto que Adela Bretón, trabajando entre 1900 y 1907, realizó copias de color de las pinturas murales de la ciudad, muchas de las cuales actualmente se han perdido completamente. El estudioso alemán Eduard Seler, indiscutible autoridad de su tiempo en lo tocante a códices y documentos originales, visitó el sitio en diversas ocasiones, en el curso de las cuales hizo muchas aportaciones para el mejor entendimiento de la antigua ciudad. A principios del siglo XX, el estadounidense Edward Thompson compró la hacienda adyacente a las ruinas y enfocó sus esfuerzos a rescatar cualquier artefacto que pudiera encontrar en el fondo del famoso Cenote Sagrado (un cenote es un depósito natural de agua formado en la oquedad de la piedra en ciertas zonas de Yucatán). Para lograr sus propósito, se hizo de una draga y contrató buzos profesionales. Logró así recuperar muchos artefactos, la mayoría de los cuales se enviaron ilegalmente al Museo Peabody de la Universidad de Harvard. Entre 1923 y 1925, Sylvanus Morley y Alfred Kidder estuvieron a cargo de las investigaciones arqueológicas en el sitio, en representación de la Institución Carnegie. El proyecto que dirigieron produjo un mapa detallado del centro del sitio y de su porción Sur, además de consolidar y reconstruir estructuras tales como el Templo de los Guerreros y el Caracol. Al mismo tiempo que la Institución Carnegie llevaba a cabo sus investigaciones, José Erosa y Miguel Ángel Fernández dirigían un proyecto mexicano encargado de consolidar el llamado Castillo, el gran juego de pelota y las plataformas de la plaza Norte, por nombrar tan sólo los más importantes. En los años posteriores a la Segunda Guerra Mundial, hubo varios proyectos dirigidos por arqueólogos destacados, tales como Alberto Ruz, Jorge Acosta y Román Piña Chan. Su trabajo, sin embargo, fue fundamentalmente de consolidación y mantenimiento. En la década de 1960, el Cenote Sagrado volvió a ser el centro de atención de los trabajos llevados a cabo en Chichén Itzá. Si bien se concentraron esfuerzos considerables en el rescate de los artefactos que aún pudiera contener, los resultados fueron más magros de lo que se había supuesto y el trabajo acabó por ser descontinuado. A finales de la década de 1970, se consolidaron las fachadas Sur y Este del Castillo, en tanto que en la temporada de campo 1990-91 se restauró la mayor parte del conjunto occidental de columnas, así como una gran área de la estructura conocida con el apodo de Edificio de las Mil Columnas y el llamado Mercado. El más reciente director de excavaciones en el sitio es el Dr. Peter Schmidt, quien no sólo dirigió el Proyecto Especial de Chichén Itzá entre 1992 y 1994, sino que ha continuado trabajando en el sitio, tanto en labores de mantenimiento como de restauración de nuevas estructuras. Uno de sus resultados más notables es la reconstitución del edificio conocido como Tumba del Gran Sacerdote.

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